Perpustakaan Widya Dhanapratapa berdiri pada tahun 18 Mei 1991 bersamaan dengan berdirinya gedung baru SMK Negeri 1 Wonosobo di Jalan Bhayangkara Nomor 12 Wonosobo. Pada 13 Oktober 2017 perpustakaan SMK Negeri 1 Wonosobo diberi nama Perpustakaan Widya Dhanapratapa seperti yang tertuang pada SK Kepala Sekolah Nomor 800/ 386/ 2017 tentang Pendirian Perpustakaan Widya Dhanapratapa. Nama “Widya Dhanapratapa†berasal dari Bahasa Sansekerta yang berarti "tempat ilmu yang membawa percerahan".
Mengingat akan kebutuhan ruang perpustakaan untuk menampung koleksi referensi dan koleksi buku paket, tahun 2014 akhirnya perpustakaan memiliki dua gedung terpisah yaitu gedung utama perpustakaan yang berfungsi untuk pelayanan sirkulasi dan koleksi umum, dan gedung perpustakaan bawah yang berfungsi untuk pelayanan koleksi referensi dan koleksi buku paket. Mengingat kembali akan standar luar area perpustakaan, maka pada Agustus 2020 ruang perpustakaan diperluas. Sehingga layanan koleksi referensi dan koleksi buku paket berpindah ke gedung utama perpustakaan. Dengan demikian, per September 2020 semua kegiatan terpusat di gedung utama perpustakaan.